Francesco nacque ad Assisi nel 1182 da Pietro di Bernardone, ricco mercante di stoffe preziose, e da Madonna Pica. La madre gli pose nome Giovanni; ma, tornato il padre dal suo viaggio in Francia, cominciò a chiamare il figlio Francesco (FF 1395). Prima della conversione il giovane Francesco condivise la cultura cortese-cavalleresca del suo tempo e le ambizioni del proprio ceto sociale, la nascente borghesia.
Nel 1202, tra le fila degli homines populi, prese parte allo scontro di Collestrada contro i perugini e i boni homines fuoriusciti assisani. Francesco fu catturato insieme a molti suoi concittadini e condotto prigioniero a Perugia. Dopo un anno, stipulata la pace tra Perugia e Assisi, Francesco tornò in patria insieme ai compagni di prigionia (FF 1398).
Decise poi di realizzare la sua aspirazione a diventare miles (cavaliere) e nel 1205 si unì al conte Gentile, che partiva per la Puglia, affinché lo creasse cavaliere (FF 1491). È a questo punto della vita che iniziano i segni premonitori di un destino diverso da ciò che Francesco aveva immaginato.
In viaggio verso la Puglia, giunto a Spoleto, si fermò per la notte. Nel dormiveglia udì una voce domandargli: «Chi può meglio trattarti: il Signore o il servo?» Rispose: «Il Signore». La voce replicò: «E allora perché abbandoni il Signore per il servo?» (FF 1492).
Il giorno seguente tornò ad Assisi, aspettando che Dio, la cui voce aveva udito, gli rivelasse la sua volontà (FF 1401).
Trascorse circa un anno nella solitudine, nella preghiera e nel servizio ai lebbrosi, fino alla rinuncia pubblica, nel 1206, all’eredità paterna nelle mani del vescovo Guido, assumendo così la condizione canonica di penitente volontario. Vestì l’abito da eremita, continuò ad assistere i lebbrosi e si dedicò al restauro di alcune chiese del contado assisano, dopo che a San Damiano aveva udito nuovamente la voce del Signore, attraverso il Crocifisso, dirgli: «Francesco, va’, ripara la mia casa che, come vedi, è tutta in rovina» (FF 593).
Nel 1208, attratti dal suo stile di vita, si unirono a Francesco i primi compagni e con essi, nel 1209, si recò a Roma per chiedere a papa Innocenzo III l’approvazione della loro forma di vita religiosa. Il Papa concesse loro l’autorizzazione a predicare, rimandando però a un secondo momento l’approvazione della Regola:
«Andate con Dio, fratelli, e come Egli si degnerà ispirarvi, predicate a tutti la penitenza. Quando il Signore onnipotente vi farà crescere in numero e grazia, ritornerete lieti a dirmelo ed io vi concederò con più sicurezza altri favori e uffici più importanti» (FF 375).
Spinto dal desiderio di testimoniare Cristo nei paesi musulmani, Francesco tentò più volte di recarvisi. Finalmente, nel 1219, raggiunse Damietta, in Egitto, dove — durante una tregua della quinta crociata — fu ricevuto e protetto dal sultano al-Malik al-Kamil.
Rientrato ad Assisi nel 1220, rinunciò al governo dei frati a favore di Pietro Cattani, uno dei suoi primi seguaci. Non rinunciò però a esserne guida spirituale, come attestano i suoi scritti.
Il 30 maggio 1221 si riunì ad Assisi il capitolo detto “delle stuoie”, al quale partecipò un numero impressionante di frati (tra i 3000 e i 5000). Si discusse il testo di una Regola da sottoporre alla Curia romana e frate Elia fu nominato vicario generale al posto di Pietro Cattani, morto il 10 marzo dello stesso anno.
La Regola discussa nel 1221, detta “Regola non bollata”, fu respinta dalla Curia perché troppo lunga e poco giuridica. Dopo una revisione alla quale collaborò il cardinale Ugolino d’Ostia (il futuro papa Gregorio IX), il 29 novembre 1223 papa Onorio III approvò la Regola dell’Ordine dei Frati Minori, detta “Regola bollata”.
Durante la notte di Natale del 1223, a Greccio, Francesco volle rievocare la nascita di Gesù con una rappresentazione vivente, per “vedere con gli occhi del corpo” i disagi in cui si trovò il Bambino a Betlemme, come fu deposto nella greppia e come giaceva sul fieno tra il bue e l’asinello (FF 468). Da questo episodio ha origine la tradizione del presepe.
Dopo il capitolo di Pentecoste del 1224, Francesco si ritirò con frate Leone sul monte della Verna per una quaresima in onore di san Michele Arcangelo. Lì — secondo la tradizione, il 17 settembre — ebbe la visione del serafino; al termine di essa, nelle mani e nei piedi gli apparvero i segni dei chiodi che aveva visto nell’essere crocifisso della visione (FF 485).
L’episodio è confermato dall’annotazione di frate Leone sulla chartula autografa di Francesco, conservata nel Sacro Convento di Assisi:
«Il beato Francesco, due anni prima della sua morte, fece una quaresima sul monte della Verna… e la mano di Dio fu su di lui mediante la visione del serafino e l’impressione delle stimmate di Cristo nel suo corpo» (FF, p. 176, nota).
All’ultimo biennio della vita di Francesco risale anche la composizione del Cantico di frate Sole (o Cantico delle creature). In questi anni Francesco è sempre più provato dalla malattia: soffriva di gravi disturbi al fegato e di tracoma agli occhi.
Quando le sue condizioni peggiorarono definitivamente, fu riportato alla Porziuncola, dove morì nella notte tra il 3 e il 4 ottobre 1226. Il giorno seguente il suo corpo, dopo una sosta presso San Damiano, fu portato ad Assisi e sepolto nella chiesa di San Giorgio.
Francesco d’Assisi fu canonizzato il 19 luglio 1228 da papa Gregorio IX. Il 25 maggio 1230 la sua salma fu trasferita dalla chiesa di San Giorgio e tumulata nell’attuale Basilica di San Francesco, costruita rapidamente da frate Elia su incarico del pontefice tra il 1228 e il 1230.